Le micro-entrepreneur doit payer certaines taxes destinées au financement des chambres consulaires lorsque son chiffre d'affaires dépasse 5 000 €. Il s'agit de la taxe pour frais de chambre de commerce et d'industrie (TCCI) et de la taxe pour frais de chambre de métiers (Taxe CMA). En revanche, le micro-entrepreneur n’est pas soumis à la taxe pour frais de chambre d'agriculture puisque ce statut n'est pas autorisé pour exercer une activité agricole.